Kaleta E.J.,Clark A.E.,Cherkaoui A.,Wysocki V.H., Ingram E.L., Schrenzel J. and Wolk D.M. Comparative Analysis of PCR–Electrospray Ionization/Mass Spectrometry (MS) and MALDITOF/ MS for the Identification of Bacteria and Yeast from Positive Blood Culture Bottles Clinical Chemistry (2011) 57: 7 1057–1067
A mikroorganizmusok gyors és pontos azonosítása kulcsfontosságú a véráram fertőzéseinek diagnózisához és célzott antibiotikus kezeléséhez. Az automatizált hemokultúrás rendszerek segítségével igen hamar észlelhető a bacteriaemia. A kórokozók identifikálása ezt követően a fenotípus és a biokémiai próbák alapján történik. Ez azonban speciális körülményeket igénylő, lassan szaporodó, nehezen tenyészhető mikroorganizmusok vagy polimikrobiális fertőzések esetén körülményes. Ezért fejlesztettek ki olyan tömegspektrometriás (MS) módszereket, melyek a mikrobiális fehérjék és genetikai markerek azonosítására alkalmasak. Egy amerikai - svájci kutatócsoport az Ibis T5000 PCR-ESI/MS készülékkel végzett PCR-lpárologtatásos ionizáció folyadékból (ESI)/MS és a Bruker MALDI Biotyper 2,0 MALDI-TOF/MS által kapott eredményeket hasonlították össze. Azt értékelték, hogy ezek mennyire állnak összhangban a szokásos fenotípusos és biokémiai próbák alapján végzett identifikálás eredményeivel. A PCRESI/MS technológia a hemokultúrából kivont DNS-t használja és a mikrobákra jellemző DNSrégiókra fókuszál, míg a MALDI-TOF/MS technológia ép bakteriális kolóniából vagy bakteriális fehérje kivonatból, közvetlen ionizáció során keletkező fehérje-fragmentek proteomikus profilalkotására támaszkodik. Mindkettőnél a mérési eredményeket referencia törzsek alapján kialakított adatbázisokra vonatkoztatják.
A vizsgálat kapcsán 273 pozitív hemokultúrás mintát vizsgáltak meg. A hagyományos technikával való diagnosztikai egyezőség (r értékek) a genus szintjén 0, 965 volt a PCR-ESI/MS-nek és 0,969 a MALDI-TOF/MS esetében, a faj szintjén 0,952 volt a PCR-ESI/MS-nek és 0,943 a MALDITOF/MS esetében.
Fontos megjegyezni, hogy a kétféle MS technológiával kapott információk nem azonosak. A PCRESI/MS a kórokozók genetikai állománya, míg a MALDI-TOF/MS a fehérjetartalom alapján azonosítja a mikroorganizmusokat. A különbség miatt a felhasználási területek különböznek. A PCR-ESI/MS lehetővé teszi néma mutációk, antibiotikum-rezisztens gének, nehezen tenyészthető organizmusok azonosítását és epidemiológiai célokra használható; igazolt hemokultúra pozitivitást követően 4-6 órán belül ad eredményt. Ezzel szemben a MALDI-TOF/MS végzése előtt tenyésztésre van szükség, aminek az időtartama 12 – 72 óra lehet (bár az újabb MALDI-TOF/MS technikák egy része a tenyésztést feleslegessé teszik). A kétféle MS-technológia költségvonzata és a hozzájuk szükséges reagensek eltérőek; PCR-ESI/MS esetében a molekuláris biológiai vizsgálatokhoz, míg MALDI-TOF/MS esetében a baktériumok tenyésztéséhez szükséges költségekkel kell számolni.
dr. Barabás Eszter
